تولي كلية العلوم الطبية في جامعة الأقصى المشاريع البحثية المرتبطة بتخصصات الأقسام المعتمدة، وتخصصات أعضاء الهيئة الأكاديمية في الكلية أهمية عالية كونها تهدف الى تحقيق التميز في مجالات العلوم الطبية والصحية وذلك من خلال تحديد مجالات الأولويات البحثية في كل تخصص على المستوى المحلي والعربي والعالمي مما يسهم في تحقيق ريادة الجامعة في جودة الإنتاج البحثي والمساعدة في حل مشكلات المجتمع.
تعمل كلية العلوم الطبية في جامعة الأقصى وفق استراتيجية الجامعة التي تركز على تعزيز البحث العلمي وتفعيل المشاريع البحثية بحيث تستطيع الكلية تحقيق أهداف الجامعة من خلال استثمار مواردها البشرية وفق الامكانيات المتاحة لتحقيق هذا الهدف الطموح للنهوض بمنظومة البحث العلمي.
قائمة المشاريع البحثية:
1.مشروع: البكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية ( د. نبيل العيلة بالشراكة مع جامعة الأزهر) – تمويل القنصلية الفرنسية بالقدس
2. التشخيص الجيني للفظريات ( أ. ناهض عبد اللطبف + أ. نضال قدورة ) – تمويل المنحة القطرية .
3. تحليل تعدد الشكل الوراثي في ??مرضى الشريان التاجي .